超临界二氧化碳萃取别离进程的原理是使用超临界二氧化碳对某些天然产物具有特殊溶解作用，使用超临界二氧化碳的溶解能力与其密度的关系，即使用压力和温度对超临界二氧化碳溶解能力的影响而进行的。

在超临界状况下，将超临界二氧化碳与待别离的物质触摸，使其有选择性地把极性大小、沸点凹凸和分子量大小不同的成分依次萃取出来。当然，对应各压力范围所得到的萃取物不可能是单一的，但能够操控条件得到较佳份额的混合成分，然后凭借减压、升温的方法使超临界流体变成普通气体，被萃取物质则彻底或基本析出，从而达到别离提纯的目的，所以超临界流体二氧化碳萃取进程是由萃取和别离组合而成的。

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